Статистика ВК сообщества "Конспекты Юджина"

0+
Экономлю ваше время. Конспекты по свежим научным исследованиям

Графики роста подписчиков

Лучшие посты

Побочные эффекты вакцины Sputnik V. Теперь не препринт, а рецензированное исследование в авторитетном журнале Nature

Наиболее показательно систематизированы побочные эффекты Спутник V в полевых условиях (вне клинических испытаний) в соседнем паблике [club136637198|Доказательная Медицина] [2]. Однако уже не раз встречал реакцию вида «это же препринт, покажите мне рецензируемое исследование». Так вот, показываю работу, опубликованную 2 ноября 2021 года в журнале Nature. Исследование проведено независимо в Иране [1].

— Выборка: 13 435 медицинских работников.
— Возраст: от 19 до 78 лет; средний возраст сообщивших о побочных эффектах: 38 лет; средний возраст вообще всей выборки: 39 лет.
— Время: февраль и апрель 2021 года.

Результаты

1. Какие и как часто встречаются?

3236 из 13 435 вакцинированных человек сообщили о побочных эффектах. В данном исследовании, проведённом в Иране, побочные эффекты встречались чаще, чем в промежуточной II/III фазе исследований вакцины, проводимой в России [3].

Наиболее частые побочные эффекты:
— боль в месте инъекции (56,9%);
— слабость (50,9%);
— боль в теле (43,9%);
— головная боль (35,7%);
— лихорадка (32,9%);
— боль в суставах (30,3%);
— озноб (29,8%);
— сонливость (20,3%).

Более редкие побочные эффекты, о которых полезно знать:
— головокружение (14,5%);
— тошнота (9,2%);
— понос (5,2%);
— сыпь (2,1%);
— рвота (1,4%).

Опасные побочные эффекты:
— анафилактический шок наблюдался у 4 из 13 435 вакцинированных (все, разумеется, остались живы).

* Для сравнения: ~19% болеющих COVID-19 (14% — умеренная или 5% — тяжёлая инфекция) сталкиваются с серьёзными осложнениями, которые могут потребовать госпитализации [4]. Среди таких симптомов: продолжительная высокая температура, тяжесть при дыхании, пониженная сатурация и другие симптомы, при которых обычно требуется госпитализация. Часть из них попадают в реанимацию, а часть — на ИВЛ, в последнем случае велик шанс летального исхода. Даже если сделать поправку на то, что много бессимптомных и с лёгкими симптомами не попадают в статистику (в том числе не учитываются часть смертей от инфекции [5]), процент людей с серьёзными осложнениями при COVID-19 довольно велик.

2. Когда возникают и сколько длятся?

Сколько длятся:
— менее 3 дней: ~ у 9 из 10 человек;
— до 7 дней: ~ у 1 из 15 человек.
— свыше 7 дней: ~ у 1 из 30–40 человек.

* Для сравнения: даже люди с лёгкой COVID-19 в среднем болеют 1–2 недели. Более того, даже среди молодых людей 18–34 лет без фоновых заболеваний и не требующих госпитализации, 1 из 5 заразившихся не выздоровел спустя 2–3 недели после положительного теста на COVID-19. В некоторых случаях болезнь может длиться даже более 6 недель [6]. И это если не считать постковидного синдрома — долгосрочных последствий после болезни, которые встречаются у переболевших довольно часто [7].

Время возникновения побочных эффектов:
— через 12 часов: 18,9%–24,3% участников;
— через 12–24 часа: 35,4%–38,7% участников;
— через 24–48 часов: 32,9%–24,6% участников;
— через 48 часов – 7 дней: 12,7%–12,6% участников.

3. У кого и когда возникают?

Побочные эффекты встречались:
— чаще у женщин по сравнению с мужчинами (одна из возможных причин: половое различие в иммунной реакции, о котором я писал ранее [7]);
— чаще у молодых людей по сравнению с людьми старше (одна из возможных причин: более сильная иммунная реакция чаще встречается у более молодых людей);
— чаще после первой инъекции, чем после второй (у мРНК вакцин, таких как Pfizer, обычно наоборот: после второй дозы наблюдается больше побочных эффектов, чем после первой);
— примерно с одинаковой частотой у переболевших и не переболевших COVID-19 (у некоторых вакцин, таких как AstraZeneca или Pfizer, побочные эффекты встречаются чаще у переболевших инфекцией, чем у тех, кто ещё не заражался вирусом);


Резюме

— Побочные эффекты от вакцины Sputnik V встречаются часто, но практически все из них — лёгкие.
— Побочные эффекты длятся недолго: у 9 из 10 вакцинированных проходят в течение 1–3 дней, а у 1 из 10 вакцинированных — в течение 7 дней.
— Серьёзные побочные эффекты возможны, но встречаются очень редко.

***

— Автор текста: [id156882972|Евгений Недильский].
— Оформитель и переводчик иллюстрации и таблиц: [id11729489|Игорь Раев].
— Корректор: [id49272875|Яна Домбровская].

Ссылки на источники, как обычно, в комментарии, оставленном от лица паблика! Не помещаю их в сам текст, потому что ВК занижает просмотры тем записям, которые содержат ссылкы на внешние сайты.

Ваша поддержка играет важную роль. Сказать спасибо:
5536 9138 3126 6560

Для быстрого поиска по интересующим вас темам:
#вакцины_covid19@eugenes_notes
#здоровье@eugenes_notes
#coronavirus

567 182 ER 17.3559
Сравнение эффективности вакцин Sputnik V, Moderna, Pfizer, AstraZeneca и Sinopharm в стране Евросоюза — Венгрии

Свежая публикация по исследованию в Венгрии [1] уже разбиралась в нескольких источниках. Чтобы не повторяться, включу в разбор важные составляющие, которые обычно не упоминались в других разборах публикации.

1. Мы перевели и оформили визуальные данные из публикации: иллюстрацию с диаграммой и две больших подробных таблицы с результатами эффективности вакцин.

2. Важный момент, который до меня не упомянули в анализе исследования из Венгрии — оно проводилось до распространения дельта-штамма. Эффективность вакцин оценивалась против альфа-штамма.

3. Разберу, как изменилась эффективность вакцин после появления дельта-штамма.

4. Расскажу, как настроенные против вакцин люди манипулируют статистикой во время распространения дельта-штамма. Разберу популярный миф.

***

I. Сравнение эффективности пяти вакцин от COVID-19 в Венгрии [1].

— Вакцины: две на основе мРНК (Moderna и Pfizer), две векторные (Sputnik V и AstraZeneca) и одна инактивированная (Sinopharm).
— Выборка: 3.740.066 человек.
* Все люди в выборке получили две дозы вакцины.
* Люди в возрасте от 16 лет до 65 лет прививались одной из пяти вакцин.
* Люди старше 65 лет прививались только одной из двух вакцин — Pfizer или Sinopharm.
— Время: с 22 января по 10 июня 2021 года.

Результаты

Эффективность в предотвращении заражения SARS-CoV-2:
— Moderna: 88,7%;
— Sputnik V: 85,7%;
— Pfizer: 83,3%;
— AstraZeneca: 71,5%;
— Sinopharm: 68,7%.

Эффективность в предотвращении смерти от COVID-19:
— Sputnik V: 97,5%;
— Moderna: 93,6%;
— Pfizer: 90,6%;
— AstraZeneca: 88,3%;
— Sinopharm: 87,8%.

***

II. Эффективность вакцин от COVID-19 после распространения дельта-штамма SARS-СoV-2.

Сперва возьмём свежую публикацию за 2 ноября с исследованием в реальных (не клинических) условиях, проведённом в Катаре [2].

Эффективность в предотвращении заражения или симптоматической COVID-19:
— Moderna: 73,1%;
— Pfizer: 51,9%.

Эффективность в предотвращении тяжёлой COVID-19 или смерти:
— Moderna: 96,1%;
— Pfizer: 93,4%.

Я выбрал публикацию, где эффективность защиты против заражения против COVID-19 сильно упала. В некоторых других выборках эффективность против симптоматической COVID-19 падает не всегда столь сильно [3]. Но даже на этом примере из Катара мы видим, что эффективность против тяжёлого течения и смерти после распространения дельта-штамма остаётся на высоком уровне.

Теперь возьмём исследование Spuntik V и посмотрим эффективность вакцины после распространения дельта-штамма [4].
— Против симптоматической COVID-19: могла снизиться до ~50% (как и у Pfizer);
— Против госпитализации при COVID-19: 81%.

Опять же видим похожую картину. Эффективность против заражения значительно уменьшилась. Но эффективность против осложнений при COVID-19 высока.

Иначе говоря, Sputnik V, Moderna и Pfizer после распространения дельта-штамма остались одними из наиболее эффективных вакцин против COVID-19.

***

III. При дельта-штамме привитые чаще непривитых заражаются COVID-19?

Разберу миф на простом примере.

У нас есть 100 человек: 10 невакцинированных и 90 вакцинированных.
— Из 10 невакцинированных заразились 5 человек (50%).
— Из 90 вакцинированных заразились 9 человек (10%).

Всего заразилось 14 человек, среди них только 36% (5 человек) — невакцинированные, остальные 2/3 — вакцинированные.

— Что говорят люди, настроенные против вакцин: «две трети заражённых вакцинированные! Вакцины не работают и вредны!»
— Что происходит на самом деле: «вакцинированные заражаются в 5 раз реже (50%/10%), чем невакцинированные».

Пример частично схож с реальным. В Уэльсе (Великобритания) были вакцинированы ~95% человек старше 60 лет и 84% — младше 60 лет. При этом в общих цифрах только чуть больше трети из заражённых COVID-19 были непривитыми. Эта новость тут же была подхвачена людьми, настроенными против прививок, в качестве серьёзного аргумента против вакцинации. Подвох в том, что новость ещё раз продемонстрировала важность вакцинации. Ведь при пересчёте на единицу населения мы видим диаграмму, показывающую, что вакцинированные заражались гораздо реже, чем невакцинированные [5].

***

— Автор текста: [id156882972|Евгений Недильский].
— Оформитель и переводчик иллюстраций: [id151230108|Александр Митряшкин].

Поблагодарить за подробный разбор:
5536 9138 3126 6560

Источники, DOI:
1. 10.1016/j.cmi.2021.11.011
2. 10.1038/s41591-021-01583-4
3. 10.1056/NEJMoa2108891
4. 10.1126/science.abm1182

Ссылки на источники, как обычно, в комментарии, оставленном от лица паблика. Таблицы в высоком разрешении прикреплены в виде файлов в комментарии с источниками.

Для удобного поиска:
#вакцины_covid19@eugenes_notes
#мифы_covid19@eugenes_notes
#coronavirus

287 68 ER 8.8703
Переболевшим COVID-19, скорее всего, достаточно одной прививки вместо двух для формирования высокого уровня защиты от SARS-CoV-2

Сперва разберём исследования, отражающие суть заголовка, а затем поговорим про 3 типа иммунитета: естественный, искусственный и гибридный.

I. Исследования однократной дозы вакцины у переболевших COVID-19.

Целый ряд исследований отметил интересную особенность: всего одна инъекция вакцины против COVID-19 у переболевших обеспечивала такой же или даже выше уровень защиты от вируса, как у не болевших коронавирусной инфекцией после двух инъекций вакцины! Причем есть несколько интересных особенностей:

— Эффект касается и тех, кто переболел COVID-19 в лёгкой форме, и тех, кто перенёс SARS-СoV-2 бессимптомно. [5] То есть величина иммунной защиты у ранее переболевших вакцинированных не прямопропорциональна тяжести ранее перенесённой инфекции. [12]

— У переболевших после одной инъекции вакцины сильно повышаются уровни и B-клеточного (антительного, гуморального), и Т-клеточного иммунитета. [3, 4] В течение одного-двух месяцев после единственной дозы вакцины, введённых переболевшим, уровень B-клеток памяти у них увеличился в ~10 раз, а уровень нейтрализующих тел — в ~50 раз. [8]

— Прекрёстный иммунитет переболевших против опасных штаммов SARS-CoV-2 после одной дозы вакцины даже выше, чем у не болевших после двух доз. Однократное введение вакцины переболевшим сильно увеличивало уровень антител против британского штамма B.1.1.7, южноафриканского штамма В. 1.351 и даже против SARS-CoV-1. (Разумеется, людей не заражали этими штаммами, а проверяли нейтрализующую способность их антител, выделяя сыворотку крови с антителами, а затем помещая в неё вирус.) [3, 10]

— Вторая прививка для переболевших COVID-19 почти не оказывает эффекта на уровень защиты от вируса, в отличии от тех, кто не болел инфекцией.

Главный вопрос сейчас: все ли вакцины и у всех ли переболевших приводят к описанному эффекту всего после одной дозы? На данный момент часто исследовались вакцины на основе мРНК (Pfizer-BioNTech и Moderna) [1-7, 9, 10] и редко — другие вакцины, например, на основе аденовирусного вектора [8].

Тактика делать только одну прививку переболевшим COVID-19 могла бы сэкономить огромное количество доз вакцины для нуждающихся в них людей. И эта же тактика могла бы убедить некоторых сомневающихся, боящихся побочных эффектов, сделать всего одну прививку вместо двух. Ряд стран, таких как Франция, Германия и Италия, уже начали рекомендовать переболевшим гражданам делать только одну прививку против COVID-19. Но такая тактика несёт в себе определённые риски. Ведь не у всех переболевших коронавирусной инфекцией вырабатывается высокий уровень антител. Вероятно, им может понадобиться две дозы вакцины. Поэтому во всех случаях, где есть сомнения, рекомендуется делать две прививки. [11]

II. Естественный, искусственный и гибридный иммунитет.

В плане источника, провоцирующего выработку защиты от вируса, иммунитет можно поделить на 3 типа:

1. Естественный иммунитет — вырабатывается через заражение вирусом, спустя какое-то количество дней после того, как человек заражается SARS-СoV-2. Высокий уровень иммунных клеток, обеспечивающих защиту от COVID-19 в 93–100% случаев, держится примерно более 7–8 месяцев, после чего происходит их постепенное, но не полное снижение. Естественный иммунитет часто "пробивается" опасными штаммами, такими как южноафриканский B.1.351 (бета), бразильский P. 1 (гамма), индийский B. 1.617.2 (дельта), Нью-Йоркский B. 1.526 (йота). [12]

2. Искусственный иммунитет — вырабатывается без заражения вирусом, через вакцинацию, спустя какое-то количество дней после прививки. * Данный тип иммунной защиты надежнее, чем естественный иммунитет, хотя бы потому что у вакцинированного очень низкие риски переболеть тяжёлой COVID-19. Но даже искусственный иммунитет время от времени пробивают некоторые опасные штаммы SARS-СoV-2. Как сильно пробивают — зависит от вакцины. Примеры:
— Один из наихудших случаев: эффективность вакцины AstraZeneca против южноафриканского штамма B.1.351 снизилась с 75% (эффективность против обычного SARS-CoV-2, процент может немного отличаться в зависимости от региона) до 11%.
— Эффективность вакцины Pfizer-BioNTech против симптоматических случаев заражения штаммом B.1.351 снизилась с 95% до 75%, однако защита от тяжёлой формы COVID-19 осталась на уровне 97%.
— Против штамма B.1.617.2 вакцины AstraZeneca и Pfizer-BioNTech сохраняют бóльшую часть своей активности. [12]

3. Гибридный иммунитет — вырабатывается после одной дозы вакцины у ранее переболевших COVID-19. Это самый надёжный тип иммунитета с высоким уровнем как антител, так и Т-клеток. Гибридный иммунитет обычно хорошо защищает даже против опасного южноафриканского штамма B.1.351. В случае с гибридным иммунитетом (переболел и сделал прививку) антитела против B.1.351 были в ~100 раз выше, чем в случае с естественным иммунитетом (переболел, но не сделал прививку), и в ~25 раз выше, чем в случае с искусственным иммунитетом (не переболел, но сделал прививку). [12]

Почему гибридный иммунитет настолько эффективен? [12]

Вероятно, основная причина в B-клетках памяти, отвечающих за производство антител. После вакцинации B-клетки "учатся" производить антитела повторяющихся участков у разных версий SARS-СoV-2. Это и позволяет более эффективно нейтрализовать как обычный версии вируса, так и потенциально опасные штаммы. При гибридном типе иммунитета количество B-клеток памяти увеличивается в ~5–10 раз по сравнению с естественным или искусственным иммунитетом. Другая причина — расширение Т-клеточного ответа после вакцинации уже переболевшего. Т-клетки учатся реагировать как на шиповидный S-белок, так и на другие участки вируса.

* Вакцина не содержит в себе цельного вируса SARS-СoV-2, поэтому не может вызвать болезнь. Она содержит только малую часть вируса или приводит к её выработке — обычно это один шиповидный S-белок. Этот белок не может вызвать болезнь, но используется вирусом для захвата наших клеток. Иммунитету достаточно "научиться" бороться с этим шипом на поверхности вируса, чтобы SARS-СoV-2 в большинстве случаев не смог присоединиться и проникнуть в клетки. Побочные эффекты вакцин вроде сильной усталости или повышения температуры после введения вакцины возникают из-за того, что иммунитет принимает малую неопасную часть вируса за цельный и опасный вирус, включая "системы реагирования" организма на вторжение.

***

Пронумерованные ссылки на научные публикации, как обычно, в комментарии, оставленном от имени паблика.

За оформление иллюстрации спасибо [id11729489|Игорю Раеву]. Её источник находится в ссылках под номером 12.

На составление таких объёмных материалов уходит много времени. Поэтому нам очень важна ваша поддержка: 5536 9138 3126 6560

#coronavirus #covid19_исследования@eugenes_notes #здоровье@eugenes_notes

280 60 ER 11.4604
Эффективность Sputnik V против двух опасных штаммов SARS-COV-2 (альфа и бета) и мутации E484K. Результаты из Аргентины

26 июля в научном журнале Nature опубликованы результаты испытания вакцины Sputnik V (она же Гам-КОВИД-Вак) против двух распространённых и опасных штаммов и опасной мутации SARS-СoV-2. Исследование было проведено за пределами России — в Аргентине.

Результаты

Сыворотка крови вакцинированных Sputnik V реагирует на опасные штаммы SARS-CoV-2 следующим образом:
— Альфа-штамм (британский B.1.1.7): эффективно нейтрализует.
— Бета-штамм (южноафриканский B.1.351): показывает лишь умеренное снижение нейтрализующей активности. Снижение примерно такое же, как у вакцин Moderna и Pfizer-BioNTech. И снижение меньше, чем у вакцины AstraZeneca.

Во столько раз снижается нейтрализующая активность против бета-штамма у разных вакцин:
— AstraZeneca (векторная): в 4,1–32,5 раза.
— Moderna и Pfizer-BioNTech (мРНК): в 6,5–8,6 раза.
— Sputnik V (векторная): в 2,8 раза против мутации E484K и в 6,1 раза против бета-штамма B.1.351.

Мутацию E484K дополнительно включили в список, поскольку она способствует уклонению вируса от антител, а также присутствует во многих опасных штаммах SARS-COV-2, среди которых B.1.351 (бета), P.1 (гамма), P.2 (зета), B.1.525 (эта) и т.д. Но она не присутствует в британском альфа-штамме и в индийском дельта-штамме [1, 2].

Насколько Sputnik V защищает от опасных вариантов SARS-CoV-2?

Нейтрализующая способность сыворотки крови у разных людей отличалась:
— У одних вакцинированных сыворотка хорошо нейтрализовала B.1.1.7, но хуже справлялась с мутацией E484K и со штаммом B.1.351.
— У других — хорошо справлялась с B.1.1.7 и даже E484K, но не B.1.351.
— У третьих — хорошо справлялась и с B.1.1.7, и с E484K, и с B.1.351.

На основании этих данных можно сделать следующие предположения:
— Альфа-штамм B.1.1.7: вакцинированные Sputnik V защищены довольно хорошо.
— Штаммы, включающие мутацию E484K: защитная способность иммунитета может быть ниже.
— Бета-штамм: иногда может успешно пробивать иммунную защиту.

Cтоит принять во внимание, что в исследовании не учитывался Т-клеточный иммунитет, который также может играть важную роль в защите от опасных штаммов SARS-CoV-2.

Зачем прививаться, если может найтись такой штамм SARS-СoV-2, который пробьёт защиту от вакцины?
— Вакцина уменьшает шанс заразиться COVID-19 в среднем в 20–30 раз [3].
— Даже если вы попадёте в группу тех, кого вакцина не защитила от заражения, то она сильно-сильно минимизирует или вообще исключает шанс переболеть тяжёлой COVID-19.
— Иммунитет после вакцин, скорее всего, лучше [4], чем иммунитет после COVID-19.
(Разумеется, все три приведенных показателя могут варьироваться в зависимости от того, какая именно вакцина. Например, по поводу эффективности ЭпиВакКороны есть большие сомнения).

А если вы переболели COVID-19, то всего одна доза вакцины обеспечивает более высокий титр антител и более надежную защиту от опасных штаммов SARS-CoV-2, чем две дозы у не болевших ранее. Иммунитет переболевших и вакцинированных называется гибридным, о нём я писал ранее [5]. Этот же эффект работает в том числе для Sputnik V [6].

***

Ссылки на источники, как обычно, в комментариях.

— Автор текста: [id156882972|Евгений Недильский].
— Перевод и оформление иллюстрации: [id151230108|Александр Митряшкин] (источник иллюстрации указан под номером 1).
— Корректор: [id33628654|Виталий Ульянов].

Спасибо за донаты [id185539697|Марку Игоревичу] и [id875776|Екатерине Мехнецовой]. Благодаря их помощи материал вышел раньше, чем планировалось, а также высвободилось больше времени для разбора ещё одного полезного исследования. Сказать спасибо за разбор: 5536 9138 3126 6560

#coronavirus #вакцины_covid19@eugenes_notes #здоровье@eugenes_notes

257 41 ER 9.5402
Разбираем популярный миф: в The Lancet доказали, что вакцины не защищают от COVID-19

Уж очень часто пишут про статью из The Lancet, вышедшую 29 октября [1], где якобы авторы показывают, что вакцины не защищают от СOVID-19.

История типичная:
1. Люди, настроенные против вакцин, берут какую-либо публикацию в научном журнале. При этом игнорируют >99% публикаций на тему вакцин от COVID-19 в этом же журнале, показывающих важность вакцинации.
2. Выдергивают фразы из контекста и перекручивают их так, что в итоге получается совсем не тот вывод, о котором писали авторы статьи.
3. Массово распространяют ложь среди антипрививочных источников.

Прекрасную работу сделала Айгерим Мекишева из [club144890406|FactCheck] [2], разобрав один из таких популярных мифов. К сожалению, статья в ВК набрала только 63 просмотра. Давайте исправим эту ситуацию.

#мифы_covid19@eugenes_notes
#вакцины_covid19@eugenes_notes
#coronavirus

116 26 ER 5.5086
Длительность гибридного иммунитета против COVID-19. Сравнение риска заразиться у вакцинированных непереболевших, переболевших невакцинированных и переболевших вакцинированных

Совсем недавно стали доступны данные по самому продолжительному исследованию гибридного иммунитета в Израиле среди всех проведённых на данный момент исследований этой темы [1].

— Выборка: более 5,7 миллионов человек вакцинированных непереболевших, переболевших невакцинированных и вакцинированных переболевших
— Время: 1 августа – 30 сентября 2021 года.
Разберём его результаты...

1. Новые данные по гибридному иммунитету

Гибридный иммунитет вырабатывается уже после одной дозы вакцины у ранее переболевших COVID-19. Это самый надёжный тип иммунитета с высоким уровнем как антител, так и Т-клеток. Про него я писал ранее [3], в том числе, разбирал эффект гибридного иммунитета у переболевших и привитых Sputnik V [4].

Есть три важных новости [1, 2]:

— Гибридный иммунитет, скорее всего, снижается со временем, как и иммунитет после вакцины или после инфекции. Иначе говоря, повторная вакцинация важна даже для тех, кто переболел и привился.

— Переболевшие и вакцинированные в среднем в 7 раз реже заражаются COVID-19 спустя 6–8 месяцев, чем невакцинированные переболевшие. Иначе говоря, если вы переболели COVID-19, то для сильного увеличения защиты от инфекции важно привиться одной дозой вакцины.

— Гибридный иммунитет, скорее всего, единственный на данный момент способ минимизировать риски для ситуации, когда омикрон станет доминирующим вариантом SARS-СoV-2. Омикрон эффективно пробивает иммунную защиту и переболевших невакцинированных, и вакцинированных непереболевших.

2. Сравнение риска заразиться

Риски рассчитывались на 100.000 человеко-дней. (Например, значение 100 на 100.000 человеко-дней — это значит, что каждый день среди 100.000 человек в среднем будут заражаться 100 человек или среди 1000 человек — 1 человек. Подробнее про расчёт можно посчитать по ссылке [5]).

Для вакцинированных двумя дозами и непереболевших:
— вакцинированы в последние 2 месяца: 21,1;
— вакцинированы более 6 месяцев назад: 88,9;

Для переболевших невацинированных:
— переболевшие 4–6 месяцев назад: 10,5;
— переболевшие более 12 месяцев назад: 30,2;

Для переболевших и вакцинированных одной дозой вакцины:
— вакцинированы в последние 2 месяца: 3,7;
— вакцинированы более 6 месяцев назад: 11,6;

Итого:
— Непереболевшие вакцинированные Pfizer — заражались чаще всего.
— Переболевшие невакцинированные заражались существенно реже, чем непереболевшие вакцинированные Pfizer.
— Переболевшие вакцинированные Pfizer заражались существенно реже, чем переболевшие невакцинированные и намного реже, чем непереболевшие вакцинированные.

Тем не менее, у вакцинированных Pfizer в 5,11 раз ниже риск госпитализации в случае заражения, чем у переболевших невакцинированных [6]! То есть говорить, что вакцины защищают хуже, чем перенесённая болезнь — некорректно. Вакцинированные непереболевшие довольно часто заражаются, порой чаще, чем переболевшие невакцированные, но вакцинированные намного легче переносят болезнь, чем переболевшие невакцинированные.

* С приходом дельта-штамма эффективность вакцины Pfizer против симптоматической COVID-19 снизилась примерно в целых 2 раза [2]. Такое сильное снижение эффективности характерно не всем вакцинам. Например, Moderna защищает от симптоматической COVID-19 заметно лучше [7]. Sputnik V обеспечивают довольно хорошую защиту от осложнений в случае заражения дельта-штаммом [8].

***

— Автор текста: [id156882972|Евгений Недильский]
— Оформление и перевод иллюстраций: [id151230108|Александр Митряшкин], [id37382287|Женя Шакина]

Сказать спасибо: 5536 9138 3126 6560

Ссылки на источники, как обычно, в комментарии, оставленном от лица паблика.

Для поиска по тегам:
#вакцины_covid19@eugenes_notes
#мутации_covid19@eugenes_notes
#coronavirus

138 70 ER 5.8945
У переболевших COVID-19 обнаружен длительный иммунитет к вирусу? Разбор двух нашумевших исследований.

Результаты исследований длительного иммунитета против SARS-CoV-2 оказались очень резонансным и как только не перекручивались в СМИ. Например, выходили новости о том, будто бы ученые доказали, что переболевшие защищены от повторного заражения COVID-19 в течение десятилетий, а то и пожизненно. [1] Поэтому я решил разобрать результаты этих исследований и рассказать, что они значат.

Сперва разберём важные моменты, которые необходимы для понимания результатов исследования (пункт 1 и 2), а затем рассмотрим результаты исследований (пункт 3).

1. Долгосрочный компонент иммунной защиты — ещё не гарантия, что мы больше не сможем переносить вирус или болеть инфекцией, вызванной этим вирусом.

Для защиты от одних вирусов достаточно один раз вакцинироваться. Другие вирусы способны часто вызывать у нас болезнь, однако после первых случаев заражения у нас может выработаться долгоживущий компонент иммунной защиты. Он может понижать наш шанс снова заразиться вирусом, уменьшать тяжесть болезни, способствовать скорейшему выведению вируса из организма и т.д. Подробнее об этом я уже писал ранее. [2]

2. Есть острый и долгосрочный иммунный ответ. Немедленная иммунная реакция на вирус отличается от долговременной иммунной памяти.

Продолжается дискуссия о том, какими путями иммунитет может защищать от SARS-СoV-2. На данный момент можно сказать следующее. [3]

Основные методы защиты от SARS-СoV-2:
— Цитотоксические Т-лимфоциты — тип Т-клеток, которые могут выборочно уничтожать инфицированные клетки.
— Нейтрализующие антитела — тип антител, которые предотвращают заражение. Они распознают вирусные белки и соединяясь с ними не дают вирусным частицам проникнуть в клетку. Эти антитела создаются плазматическими клетками.
— Т-хелперы — координируют иммунную реакцию организма и важны для продолжительности иммунной защиты (иммунологической памяти). Именно они приводят к появлению долгоживущих плазматических клеток, которые могут оставаться уже после ухода вируса из организма. Если человек снова заражается вирусом, плазматические клетки смогут снова создать нейтрализующие антитела.

Иммунологическая память — это вовсе не то состояние, в котором находится иммунитет при острой реакции на вирус. Т-клетки и B-клетки при иммунологической памяти поддерживаются в состоянии покоя. Но как только они сталкиваются с вирусом, то начинают действовать.

3. Исследования иммунной защиты, наделавшие много шума.

Если в костном мозге присутствуют долгоживущие плазматические клетки, которые при этом способны вырабатывать антитела, то у нас может быть долгосрочный компонент защиты от вируса. [3] И в этом плане появились положительные новости:

— Одно исследование. У 15 из 19 человек спустя 7 месяцев после заражения найдены долгоживущие плазматические клетки, создающие антитела против S-белка SARS-СoV-2. Ещё через 4 месяца (спустя 11 месяцев после заражения) количество этим плазматических клеток оставалось стабильным. Было обнаружено, что 10–20% плазматических клеток при острой иммунной реакции на SARS-CoV-2 оставались в организме и становились долгоживущими плазматическими клетками. [3, 4]

— Другое исследование. На выборке из 63 человек было показано, что острый иммунный ответ обычно длится более 6 месяцев. Уровень антител снижается до определённого значения и спустя 6–12 месяцев после заражения остаётся стабильным. Авторы исследования показали, что повторная вакцинация через год более чем в 50 раз повышает уровень защитных антител, чем до вакцинации. Таким образом можно поддерживать стабильную защиту от вируса. [3, 5]

Выводы: мы не знаем, какая степень защиты с течением времени у нас будет после появления иммунитета к SARS-CoV-2. Однако появились данные, внушающие надежду и показывающие, что какая-то степень защиты от вируса у большинства переболевших может сохраняться довольно долго. Какая именно степень защиты и насколько долго — ещё предстоит выяснить. Есть надежда, что вакцинация может обеспечить долгосрочный компонент иммунной защиты, благодаря которому как минимум последующая инфекция не будет протекать тяжело. Данные по вакцинированным ещё сильнее подкрепляют это предположение. Кроме того, благодаря долгосрочному компоненту защиты повторная вакцинация (например, через год) сможет обеспечивать довольно высокий уровень защиты от вируса.

Также стоит помнить, что сейчас появляются штаммы SARS-СoV-2, которые «пробивают» иммунную защиту от предыдущих версий вируса. Чем больше людей вакцинируются, тем меньше шансы возникновения и широкого распространения таких опасных штаммов, поскольку у вируса будет меньше пространства для мутаций.

***

Источники, как обычно, в комментариях. Спасибо [id33628654|Виталию Ульянову] за перевод и оформление иллюстрации к записи.

Поблагодарить за популяризацию науки и доказательной медицины: 5536 9138 3126 6560

#coronavirus #covid19_исследования@eugenes_notes #здоровье@eugenes_notes

122 25 ER 7.6210
Омикрон — что сейчас известно про новый вариант SARS-CoV-2? [сборник]

Сперва расскажу про хронологию событий. После чего разберу ответы на важные вопросы.
1. Какие мутации включает, и на что они влияют?
2. Как с помощью тестов на основе ПЦР определить омикрон?
3. Насколько эффективно передаётся и как быстро распространится по миру?
4. Повышает ли риск повторного заражения?
5. Влияет ли на тяжесть инфекции?
6. Влияет ли на эффективность вакцин от COVID-19?
7. Как скоро появятся данные из лабораторий и исследований?

Варианты названия нового потенциально опасного варианта: 21K / B.1.1.529 / omicron / Nu (старое название).

Хронология событий:
— 9 ноября — получен первый образец омикрона из первого подтверждённого случая заражения новым вариантом в ЮАР [2];
— 11 ноября — получены ещё три образца омикрона у заражённых в Ботсване [4];
— 12–20 ноября — все просеквенированные геномы в провинции Гаутенг, ЮАР принадлежат варианту омикрон [1];
— 22 ноября — первый обнаруженный случай заражения омикроном в Европе, Бельгия (положительный тест был получен 22 ноября, а 26 ноября поступило подтверждение, что человек заражён омикрон-вариантом) [6].
— 23 ноября — исследователи в ЮАР удивлены огромным количеством мутаций в омикрон-варианте, сеть надзора за геномными вариантами в ЮАР (NGS-SA) организовывает экстренное совещание.
— 24 ноября — поступило первое сообщение в ВОЗ о выявлении варианта B.1.1.529 [2];
— 26 ноября — омикрон классифицировали как вариант, вызывающий обеспокоенность (ВВО) по результатам проведения экстренного совещания ВОЗ [2].

***

1. Мутации омикрона: гораздо больше, чем у других вариантов SARS-CoV-2.

Вариант омикрон включает в себя более 60 мутаций и делеций (по разным данным количество мутаций может немного отличаться). Среди них изменения в S-белке (35), N-белке (6), ORF1a (10), ORF1b (2), ORF9b (4), Е-белке (1) и М-белке (3). Один только S-белок у омикрона накопил в себе примерно в 3,5 раза больше изменений (35), чем в других опасных штаммах, таких как альфа (10), бета (10), гамма (12) и дельта (9) [3]. Часть мутаций уже встречались в других вариантах SARS-СoV-2. Но мы до сих пор не знаем функций всех мутаций, входящих в состав омикрона.

Некоторые изменения в омикрон-штамме, вызывающие опасения, и их предполагаемый эффект [3]:

В S-белке:
— H69-, V70- — ошибки в диагностике инфекции в одном из распространённых тестов по методу ПЦР (в тестах TaqPath) [3].
— H655Y, N679K, P681H — увеличение способности передаваться от человека к человеку (трансмиссивности);
— Q498R, N501Y — значительное повышение связывающей способности S-белка с АСЕ2.

В N-белке:
— R203K и G204R — повышенная экспрессия субгеномной РНК и увеличение вирусной нагрузки.

В ORF1b:
— L3674-, S3675-, G3676- — помогают вирусу избегать врожденного иммунного ответа.

***

2. Эффективность тестов для определения омикрона: частично снижена.

Один из распространённых тестов по методу ПЦР (TaqPath) не определяет S-белок в омикрон-варианте SARS-СoV-2. Это происходит из-за существенного изменения S-белка в новом варианте. Названную выше тестовую систему можно использовать для определения, заражён ли человек омикрон-вариантом или каким-то другим [4, 5].

***

3. Передаваемость от человека к человеку (контагиозность): возможно, повышена.

Омикрон, скорее всего, распространяется между людьми даже лучше, чем дельта-вариант.

Факты в пользу гипотезы:
— в ЮАР и Ботсване омикрон очень быстро распространяется и вытесняет другие варианты. Даже быстрее, чем в своём время распространялся дельта-вариант. Однако требуется гораздо больший набор проб вируса для подтверждения данных [5].
— в ЮАР и Ботсване растёт количество новых заражений COVID-19. Например, в провинции Гаутенг, ЮАР, где как раз был выявлен омикрон, в ноябре резко выросло количество заражённых COVID-19, особенно среди школьников и молодёжи [1]. Но пока неизвестно, вызвано ли это ростом всех заражений или в основном заражений омикрон-вариантом.

Дельта варианту потребовалось несколько месяцев для захвата доминирующей позиции в большинстве стран мира. Если предположить, что омикрон обладает улучшенными характеристиками, то в случае отсутствия важных сдерживающих факторов он может распространиться по миру ещё быстрее.

***

4. Уклонение от иммунитета: возможно, повышается.

Скорее всего, омикрон повышает риск повторного заражения даже чаще, чем дельта-вариант [5].

Факты в пользу гипотезы:
— Обнаружение мутаций, встречаемых в других вариантах SARS-СoV-2, которые позволили этим вариантам эффективнее уклоняться от иммунитета [3].
— Моделирование, показавшее, что омикрон может избегать Т-лимфоцитов [1].

***

5. Тяжесть инфекции: ещё неизвестно, увеличивается, остаётся прежней или уменьшается.

Для определения тяжести COVID-19 у заражённых омикрон-вариантом нужно от нескольких дней до нескольких недель. Ситуация осложняется ещё и тем, что в числе первых заражённых было много молодых людей, у которых инфекция протекает обычно заметно легче, чем у многих других групп населения [5].

***

6. Эффективность вакцин от COVID-19: ещё неизвестно, возможно, понизится в защите от заражений.

Скорее всего, омикрон-вариант сможет пробивать иммунную защиту людей даже чаще, чем дельта и другие ныне выявленные варианты вируса. Но иммунитет вакцинированных людей вряд ли полностью потеряет способность нейтрализовать омикрон [4]. Вакцины, скорее всего, всё ещё будут сильно понижать шансы развития тяжелой инфекции или летального исхода [7]. Среди зараженных омикроном были привитые различными вакцинами. Как векторными AstraZeneca и Johnson & Johnson, так и на основе мРНК Pfizer [1].

Не прививаться, не ревакцинироваться, а ждать обновления вакцин в неопределённом будущем, когда ещё толком неизвестны характеристики нового варианта, и пока люди заражаются дельта-штаммом, — не самая безопасная тактика.

***

7. Как скоро появятся данные из лабораторий и исследований?

По оптимистичной оценке, потребуется от нескольких дней до нескольких недель для частичных ответов на некоторые важные вопросы (не включая время на написание статей и их рецензию). И вот почему:

— Для лабораторного выращивания вируса из взятых образцов может потребоваться одна-две недели. Этот вирус нужен для того, чтобы взять образцы крови у вакцинированных и невакцинированных заражённых, и проверить способность сыворотки нейтрализовать омикрон-вариант [4].
— COVID-19 может развиваться долго. Может потребоваться от нескольких дней до нескольких недель, чтобы сравнить течение инфекции у первых зараженных омикроном.
— Нужно набрать большее количество образцов вируса для секвенирования и уточнения важных генетических данных.

А пока не стоит спешить с преждевременными выводами!

С одной стороны, появление нового опасного штамма SARS-СoV-2 было вопросом времени. Особенно в таких странах как ЮАР или Ботсвана, где лишь малый процент населения вакцинирован от COVID-19. Хотя смотря с кем сравнивать: чуть более четверти вакцинированных населения в ЮАР — это относительно неплохой показатель по сравнению с другими африканскими странами.

С другой стороны, ждали изменений от дельта-варианта, а в итоге получили новый вариант с огромным количеством новых мутаций. В то же время нам повезло, что в ЮАР есть самые современные технологии среди африканских стран для секвенирования генома вируса. Это и позволило в кратких сроки обнаружить потенциально опасный вариант [6].

***

Авторы: [id156882972|Евгений Недильский], [id151230108|Александр Митряшкин].
Корректор: [id49272875|Яна Домбровская].

Ваша поддержка играет важную роль. Поблагодарить за подробный разбор темы: 5536 9138 3126 6560

Ссылки на источники, как обычно, в комментарии, оставленном от лица паблика.

Для удобного поиска:
#омикрон_covid19@eugenes_notes
#мутации_covid19@eugenes_notes
#вакцины_covid19@eugenes_notes
#coronavirus

146 95 ER 5.7276
А ещё мне сегодня исполнилось 30 лет.

Приятно осознавать, что я могу не только самостоятельно развиваться, но и приносить пользу всем вам рассказывая о чём-то важном из мира науки. Один из элементов счастья — это быть кому-то полезным.

Поздравить с днём рождения: 5536 9138 3126 6560

Кроме донатов лучшая помощь для канала — это распространение моих конспектов и статей, которые показались вам полезными, среди других источников информации и среди своего окружения. Или любая помощь с публикациями. Например, вчера мне помогли оформить иллюстрации к этой интересной публикации про иммунитет мозга. Это уже значимая помощь. Чуть позже разберу эту публикацию здесь. В том числе полезна и критика. Даже если вы исправляете описки у меня в тексте, это уже делает этот канал лучше.

За последнюю неделю вышло много интересных публикаций, вот некоторые из них. Приведу ссылки на них в первом комментарии. Если вам что-то из этого интересно и хотите, чтобы я разобрал эту публикацию здесь — дайте знать.

2 32 ER 3.4701
Почему ВОЗ рекомендует не спешить с ревакцинацией и насколько это применимо для России и стран СНГ?

Сперва разберём, что произошло, и поговорим о причинах сомнения в ревакцинации. После этого разберём причины, по которым стоит ревакцинироваться. А затем подведем итоги.

4 августа ВОЗ призвала не спешить с ревакцинацией до конца сентября 2021 года [2]. Представители организации порекомендовали богатым странам с большим количеством вакцин лучше поддерживать бедные страны, где спрос на вакцины превышает количество доступных доз.

I. Причины не спешить ревакцинироваться в ближайшее время [1, 2]:

1. Вакцина может защищать дольше, чем ожидается на данный момент.

Люди могут получать дополнительные дозы вакцины, которые им не нужны. Уже сейчас известно, что переболевшим достаточно всего одной дозы вакцины, хотя большинство из них получают две дозы. То же может быть и с ревакцинацией.

Аргумент можно перевернуть обратной стороной. Если мы не знаем, как долго сохраняется защита от вакцин, то почему бы не ревакцинироваться? Прямо сейчас исследователи пытаются установить, чаще ли заражаются люди, вакцинированные от COVID-19 в самом начале программы вакцинации, по сравнению с теми, кто вакцинировался позже.

2. Пока не установлены основные группы населения, которым может требоваться дополнительная доза вакцины.

Однако для некоторых людей с иммунодефицитом, скорее всего, нужно 3 дозы вакцины. ВОЗ не выступает против спешки в получении третьей дозы людям из групп риска.

3. Угроза возникновения и распространения опасных штаммов SARS-СoV-2 из-за сильного неравенства в распределении вакцин по странам.

Пока одни люди могут получать третью прививку, которая может не повлиять на уровень защиты, люди в других странах могут не получить даже одну или две дозы вакцины, которые могут сильно повлиять на защиту от вируса. Если делиться вакцинами с нуждающимися в помощи странами, то это может предотвратить появление новых опасных вариантов вируса в бедных странах или хотя бы замедлить мутации вируса [4].

Разница в количестве привитых в августе 2021 года: [4, 7]
— в странах с высоким уровнем доходов: 58% населения;
— в странах с низким уровнем доходов: лишь 1,3% населения;
— в Великобритании привито ~60% населения;
— в Уганде привит лишь 1% жителей.

Сейчас было введено более 4 млрд вакцин. Причем более 80% из них достались богатым странам и странам со средним уровнем доходов, чье население составляет менее половины мирового. В то время как в Африке в среднем вакцинировано всего 2% населения, многие пожилые люди и медики так и не получили вакцину.

Чтобы к концу 2021 года в бедных странах вакцинировалось 40% людей, текущие темпы вакцинации должны увеличиваться в ~19 раз [5]. А пока только 32% людей в мире получили хотя бы одну дозу вакцины, а 24% — две дозы [6].

Разница в закупках вакцины: [3, 4, 7]
— Канада купила столько доз вакцины, что их хватит для вакцинации всего населения 5 раз;
— Великобритания может 4 раза вакцинировать всё своё население;
— США купили почти все из 3,2 млрд доз вакцины Pfizer-BioNTech;
— Иордания смогла себе позволить купить вакцину лишь для 6% населения;
— 50 наиболее бедных стран, где проживает ~20% населения планеты, получили лишь 2% от всех вакцин в мире.

В условиях самой страшной пандемии за последние 100 лет вакцины вместо бесплатного блага для всех людей остаются товаром, продаваемым богатым. К концу 2021 года у богатых стран останется ~1 млрд неиспользованных доз вакцины [7]!

Без глобального сотрудничества и справедливого распределения в будущем COVID-19 может стать болезнью бедных стран и стран с низким доверием к вакцинам.

II. Причины, по которым с ревакцинацией не стоит затягивать [1]:

1. Разные типы вакцин могут по-разному защищать.

Скорее всего, вакцины на основе инактивированного вируса хуже защищают от симптоматической COVID-19, чем векторные или на основе мРНК. Поэтому, если вы привились изначально вакциной на основе инактивированного вируса, возможно, есть смысл в третьей дозе.

(Почему вакцины, которые могут приводить к выработке антител к разным белкам вируса, могут защищать хуже, чем вакцины, приводящие к выработке защиты от S-белка, я писал ранее [8]. Иммунитет сложнее, чем может показаться, порой не стоит делать преждевременные выводы лишь исходя из поверхностного предположения о корреляции между количеством белков и уровнем защиты.)

2. Уровень защиты после двух доз вакцин может быть не максимально возможным.

Есть данные по вакцинам Moderna, Pfizer-BioNTech, Oxford-AstraZeneca и Sinovac, подкрепляющие эту гипотезу. Если вводить третью дозу вакцин через несколько месяцев после первых доз, то она приводит к росту уровня антител к вирусу. Но помогает ли это лучше защититься от заражения вирусом — пока непонятно. Возможно, лучшей стратегией будет вариант, когда прививки делаются разными вакцинами. Текущие данные показали, что такой вариант может привести к устойчивым иммунным ответам как на уровне антител, так и на уровне Т-клеточного иммунитета.

3. Дельта-штамм (индийский штамм) и другие опасные штаммы SARS-CoV-2.

Дельта штамм в ~2 раза быстрее передаётся и иногда успешно «пробивает» иммунную защиту вакцинированных. Неизвестно, поможет ли защититься от него третья доза вакцины, но такой шанс есть. То есть аргумент в пользу защиты от опасных штаммов можно использовать и для обоснования ревакцинации.

Данных пока мало, но уже есть фактические аргументы в пользу этой причины:

— По пока ещё не обработанным данным из Израиля ещё в начале программы вакцинации более 90% вакцинированных получали защиту от заражения. Сейчас же этот показатель сократился до ~40% привитых! Одна из возможных причин такого падения защиты от заражения — распространение дельта-штамма в стране [1]. Однако могут быть и другие причины. Например, в самом начале вакцину получали более богатые и более ответственно относящиеся к профилактике заражения люди.

— Двойные слепые плацебо-контролируемые исследования (РКИ), которые сейчас находятся на стадии препринтов, отметили небольшое снижение защитных свойств вакцин. У Pfizer-BioNTech: эффективность снизилась с 96% до 84%. У Moderna: с 94% до ~90%. По другим данным, эффективность вакцины Pfizer-BioNTech снизилась до 88%, а AstraZeneca — до 67% [6].

В то же время вакцины по-прежнему защищают от подавляющего большинства тяжёлых случаев COVID-19. В том числе и при заражении дельта-штаммом.

III. Заключение.

Рекомендация ВОЗ адресована прежде всего политикам в богатых странах, где количество доступных вакцин сильно превышает спрос на них. Логика ВОЗ примерно следующая: если брать ситуацию в мире в целом, то гораздо полезнее отдать третью дозу вакцины тем, кто вообще не прививался, чем привить тех, у кого может быть всё ещё высокий уровень иммунной защиты от вируса. Ведь даже если богатые страны победят пандемию, в бедных SARS-CoV-2 продолжит мутировать, в том числе — в сторону «пробивания» иммунитета от вакцин. Это уже происходит с дельта-штаммом, распространившимся из Индии. Поэтому важно бороться с пандемией всем миром.

Если же рассматривать ситуацию в России, то мы входим в список стран с низким показателем вакцинации. Но не из-за недостаточного количества вакцины, а из-за антипрививочных настроений. Грубо говоря, мы входим в список стран, которые сами нуждаются в помощи. И пока запасов вакцины достаточно, даже ревакцинация на уровне отдельного человека может продемонстрировать положительный пример.

***

— Автор текста: [id156882972|Евгений Недильский].
— Корректор, переводчик и оформитель иллюстрации: [id33628654|Виталий Ульянов].

За донаты спасибо Илье К. и Виталию! 😊 Если хотите, чтобы я указал ссылку на вашу страничку при благодарности, напишите [id156882972|мне в личку] или в сообщения паблика. Ваша помощь сильно помогает публиковать больше полезных материалов. Поблагодарить за разбор научных публикаций: 5536 9138 3126 6560

#coronavirus #вакцины_covid19@eugenes_notes #здоровье@eugenes_notes

111 63 ER 6.3226